A origem do Maltês é bastante controversa, mas há consenso quanto à sua antigüidade. Alguns historiadores atribuem ao Maltês a inspiração para muitos desenhos e esculturas encontrados em escavações e documentos datados de 4 mil AC. Existem divergências também quanto ao país de origem do Maltês, sendo que uma corrente de historiadores defende que, na verdade, o Maltês seria um cão asiático, que teria sido levado pelos nômades para a Europa.