Etimologicamente, o latim cattus designava tanto significado para cão quanto para gato. Ao longo do tempo, a palavra sofreu modificação para catulus, depois canus. Catellus, que se referia a cachorrinho, e catula, à cachorra, também derivaram dessa forma. Apenas cachorrinha teve um caminho etimológico distinto, pois veio de canícula, que significava a estrela conhecida como Sírio. Por problemas no significado, que era confundido com o da catapulta, os romanos dobraram a letra t do original catus, que foi modificando-se ao longo dos anos, passando a duas palavras para dois significados distintos e seus derivados.Segundo a história semântica das palavras do português, foi constatado que, assim como as palavras mudam em sua forma e sua sintaxe através dos anos, seu significado, por vezes, vai se modificando também, em decorrência de uma série de fatores sociais e culturais. Diante disso, o vocábulo cachorro, proveniente do basco, indicava qualquer tipo de filhote, e, por um processo de restrição de significado linguístico, passou a indicar filhote de cão e o próprio cão. Essa explicação justifica o sinônimo entre as duas palavras e a adoção comum das pessoas, apesar dos significados constantes nos dicionários da língua portuguesa.
Segundo o Dicionário Aurélio de Língua Portuguesa, na variante brasileira, cão significa mamífero canídeo, domesticado pelo homem desde tempos remotos, que atende pelo plural de cães e tem como forma feminina, cadela. Cachorro, por sua vez, entendido como sinônimo, tem cachorra como feminino e cachorros como forma plural, designa sim um cão novo, uma cria de lobo ou ainda qualquer cão. Em sentido pejorativo, o cachorro é sinônimo de canalha e aparece ainda em formas cristalizadas da gíria e de expressões populares, como "matar cachorro a grito" e "quem não tem cão, caça com gato". Segundo o dicionário online Priberam, na variante europeia, cão possui um significado denotativo mais amplo, além dos conhecidos na variante sul-americana, com sete significados conotativos e três denotativos. O mesmo se aplica a cachorro, que possui uma maior variação de significados em Portugal.
fonte: Wikipedia